El 24 de marzo de 2004 el entonces presidente Néstor Kirchner dio la orden de que los cuadros de los dictadores Jorge Rafael Videla y Reynaldo Bignone, que estaban colgados en una de las galerías del Colegio Militar de El Palomar, fueran retirados. "Proceda", dijo Kirchner al titular del Ejército, Roberto Bendini, durante el acto para recordar los 28 años del golpe de Estado de 1976. 

Dos años después, en el 2006, en un acto realizado el 24 de marzo en la Casa de Gobierno, el presidente Néstor Kirchner restituye el grado de coronel a Juan Jaime Cesio.Además, anuncia el envío al Senado del pliego de Cesio para su ascenso a general de brigada, trunco desde los años `70, cuando José López Rega trabó su carrera con el argumento de que se trataba de un "comunista".

En tanto, ya durante la última dictadura, el coronel Cesio fue descalificado por las autoridades militares "por falta gravísima al honor" con pérdida del uso de su título, de su grado y de su uniforme, entre otros motivos por haber participado de una marcha de las Madres de Plaza de Mayo.Fue uno de los pocos militares que durante la dictadura apoyaron a los organismos de defensa de los Derechos Humanos. Junto a José Luis D´Andrea Mohr, Horacio Ballester y Jorge Leal, fue fundador del Centro de Militares para la Democracia Argentina (CEMIDA).